Su curso Nace en el término de Ochagavía, de la confluencia de los ríos Zatoia y Anduña; discurre por éste en dirección sur —dando nombre al valle de Salazar— y atraviesa los municipios de Ezcároz, Oronz, Esparza de Salazar, Sarriés, Güesa, Gallués y Navascués, donde, tras atravesar la sierra prepirenaica de Illón —donde forma, sumamente encajado, la foz de Arbayún—, orienta su curso en dirección SO. hacia los términos de Romanzado y Lumbier, donde desemboca en su principal.